1928年10月南京国民政府创立五院的同时，设立了军事参议院。1929年1月5日正式成立，李宗仁就任院长。2月13日国民党中央政治会议通过组织条例及编制表，规定参议院参议平时专备咨询建议，负责点验、校阅、演习及调查屯垦、兵工等事宜，战时则选任为高级指挥官或其他重要职务;参议须是中将以上，院长为上将。该院下设院长办公厅、总务厅、军事厅、军事研究会等机构。1929年5月22日，国民党中政会任唐生智为院长。1928年改隶于国民政府军事委员会，1949年改隶于国民政府。