中华人民共和国成立后，军事医学进入新的发展阶段，组建了军医大学、军事医学科学院，以及军种、兵种的医学教学和科研机构，形成了较完善的军事医学体系，结合部队保障需要和军队建设与发展，开展了针对性较强的教研活动，出版了《野战外科学》《野战内科学》《军队卫生学》《军队流行病学》《军事航海医学》《军事航空医学》《卫生勤务学》等专著。

20世纪70年代以来，逐步开展了对新武器的致伤机理、伤类伤势、防治措施和武器装备应用中的人―机―环境医学等问题的研究。研究军事环境条件对军人健康的影响及保护措施。

随着卫勤保障任务的扩展和科学技术的发展，军事医学研究形成了以生物医学方法为主，自然科学与社会科学结合的方法体系。包括生物医学实验方法、临床循证医学方法、数理统计方法、工程设计试验方法、调查论证方法、模型和模拟仿真方法和专家咨询法等。新军事革命和科技进步将对军事医学的发展产生深刻影响，使军事医学研究领域和学科结构在不断分化的同时又不断整合。总的趋势是突出军人健康保护，向征兵时的兵员健康鉴定和退役后的健康保障两个方向延伸，选兵医学和军事康复医学将得到发展；以军事人机工效学为支撑，以提高作业效能为目的的能力医学将成为军事医学研究的热点领域。

主要包括：①战伤救治。主要研究现代常规火器伤的病理变化、伤类特征和救治措施。相关的学科有野战外科学、军事病理学等。②疾病防治。主要研究具有重要军事意义的传染病的病因、侦察、检验、预防、诊治与媒介生物防制，以及战时常见病和军种、兵种特殊疾病的防治。相关的学科有野战内科学、军队流行病学、军事医学地理学等。③预防保健。主要研究军事环境和军事活动中对健康的危害因素、所致伤病的机理和预防措施，以及保护身心健康、提高环境适应和抵御疾病能力的卫生措施。相关的学科有军队卫生学、军事环境医学、军事医学心理学等。④军事作业能力的医学维护。主要研究军事活动环境中，影响军人作业能力的因素和人―机―环境系统的医学问题，以及增强军人作业能力、提高武器装备人―机―环境系统作业工效的措施。相关的学科有军事作业医学、军事医学心理学、军事航空与航天医学、军事航海与潜水医学等。⑤特种武器损伤卫生防护。主要研究核、化学、生物武器，激光、微波、电磁脉冲、声波等新概念武器和贫铀弹、火箭推进剂等致伤病理特点、伤类特征及防治措施。围绕特定保障任务，横跨多个学科，集侦察、检验、洗消、预防、治疗为一体，构成军事医学的重要组成部分。相关的学科有核、化学、生物武器损伤卫生防护学，军事毒理学等。⑥军队卫生装备。主要研究军队卫生装备相关基础理论、卫生装备工程关键技术、卫生装备信息化与标准化技术等。包括卫生装备综合论证与评估、野战卫生装备系统设计与工程设计、卫生装备研制与试验定型等。相关的学科有军队卫生装备学、军事生物医学工程等。⑦军队特需药品。主要研究用于特种及常规武器损伤和军事环境引发疾病的预防、诊断、治疗的药品，包括药物设计与筛选、药理毒理评价、制剂与生产工艺等。相关的学科有军事药学、军用生物技术等。此外，军事医学研究内容还有军队卫生统计学、军事医学情报、军事医学史等。